ほぼ完全移植のPSP版を使って調べました。
初っ端から、シャドーギアの足が斜めになっていますね。
シャドーギアがこのような形で入場してくると、
普段のパターンでは交わしきれないので、ミスってしまう事がよくあります。
多くのプレイヤーの頭を悩ませた、『斜めシャドーギア』。
『なぜシャドーギアは斜めになることがあるのか？』
どうやら原因は、この敵にあったようです。
↑こいつ。
こいつが出現するときにいた敵の数（カプセル含む）によって、
シャドーギアが斜め状態になるorならないかが決まります。
（厳密には、画面内に現れる＝出現する ではなく、
一旦画面外で出現したのちに画面内に歩いてくる感じ）
さて、なぜキャラ数によって状態が変わるのでしょうか。
グラディウスIIIでは、敵が出現するとその敵のデータが
内部データに書き込まれます。
椅子に例えてみました。
小さい番号の椅子から座るようになっています。
画面外に消えたり死んだりしたときは、その席を
次に出現する敵に明け渡します。
ザコ敵はこのように毎回座る椅子が違うわけですが、
ボスクラスになると立場も優遇されるようになり、
特等席が与えられます。
（07 09/09 本体の方の番号を間違えていたので修正しました）
普段は、ボス出現時に特等席に誰も座っていないよう、
出現前にザコ敵を全て消しています。
が、なぜかミニクラブは消される事が無く、
それに無理やり上書きしたために不具合が生じるようです。
特等席にミニクラブがいると困るギアは
一番右のギアで、その特等席は９番目の椅子です。
このギアがシャドーギア全員の動きを統率しているので、
そこにミニクラブがいると不具合が生じます。
どのような不具合か。
ミニクラブの行動は大まかに分けて『左に移動』『右に移動』ですが、
グラIIIでは、ミニクラブが書かれているデータの中の一つが
『00（右に移動）』か『01（左に移動）』かで行動が決まるようになっています。
その部分がシャドーギア出現時に上書きされていません。
ミニクラブは自分の役目が終わると、
画面左へ画面左へと歩き続けます。
たとえステージ左端に到達しても、右端から現れてまた歩き続けます。
つまり、永久に『01』のままです。
そこにシャドーギア（一番右のギア）が乗っかるわけです。
『00』『01』だけのミニクラブと違って、シャドーギアの行動は